Grattugiate il cetriolo con una grattugia fine, trasferitelo in uno scolapasta e appoggiate lo scolapasta su una ciotola più grande. Lasciate scolare l'acqua in eccesso dal cetriolo (oppure strizzatelo con le mani).
Mescolate poi il cetriolo con lo skyr, l'aneto tritato, il succo di limone e l'aglio schiacciato, e aggiustate il composto ottenuto con sale e pepe.
Gli tzatziki pronti si consumano preferibilmente nel giorno della preparazione. In alternativa potete conservarli in frigorifero, dove si mantengono per circa 2–3 giorni.
