Preriscaldare il forno a 180 °C.
Schiacciare l'aglio e tritare grossolanamente la cipolla. Preparare una padella adatta al forno (Ø 25 cm). Se si dispone solo di una padella normale, preparare anche una teglia da forno con il diametro sopra indicato.
Scaldare 1 cucchiaio di olio d'oliva nella padella. Aggiungere la cipolla tritata e soffriggere per 2 minuti a fuoco basso.
Aggiungere poi nella padella l'aglio schiacciato, l'origano e il concentrato di pomodoro e mescolare.
Aggiungere subito dopo i pomodori pelati a pezzi in scatola e lasciare sobbollire 5 minuti a fuoco basso.
Nel frattempo tagliare entrambe le zucchine, la melanzana e i pomodori a rondelle di uguale spessore (circa 3–4 mm). Iniziare a disporre le rondelle sulla salsa di pomodoro
in un cerchio colorato: se si cuoce la salsa in una padella adatta al forno, disporre le rondelle direttamente nella padella – se invece si è usata finora
una padella normale, versare prima la salsa di pomodoro nella teglia da forno e solo allora iniziare ad adagiare le rondelle. Salare e pepare le verdure,
coprire la padella o la teglia con un coperchio o con un foglio di alluminio e mettere nel forno preriscaldato.
Cuocere il ratatouille per 30–40 minuti a 170–180 °C.
Rimuovere poi il coperchio (o il foglio di alluminio), cospargere le verdure con il parmigiano e cuocere per altri 5 minuti alla stessa temperatura.