Prima di tutto cuocete la quinoa seguendo le istruzioni riportate sulla confezione.
Una volta cotta, scolatela e raffreddatela sotto acqua fredda.
Nel frattempo preriscaldate il forno a 200–205 °C, preparate uno stampo per 12 muffin e foderatelo con i pirottini da forno. (Al posto dello stampo con i pirottini potete usare uno stampo in silicone.)
Mettete la quinoa raffreddata in una ciotola insieme al formaggio, alle uova, al cipollotto, ai pomodori, al lievito, al sale e al pepe. Mescolate bene il composto e riempite poi i pirottini preparati fino a circa ¾ del loro volume.
Una volta lavorato l'impasto, inserite la teglia nel forno e cuocete per 23–24 minuti a 200–205 °C. Dopo la cottura togliete i muffin dallo stampo, lasciateli raffreddare per almeno 20 minuti e servite.