Preriscaldare il forno a 180 °C.
Pulire i pomodori e le cipolle, tagliarli a spicchi, disporli su una teglia rivestita di carta da forno e cuocere per 40 minuti a 170–180 °C.
Dopo la cottura, lasciar raffreddare leggermente i pomodori con le cipolle, quindi frullare fino a ottenere un composto liscio insieme all'aceto di vino, ½ cucchiaino di sale, alla stevia e all'aglio.
Passare il composto ottenuto attraverso un setaccio fine per eliminare i residui di buccia. Versare il ketchup pronto in 2 vasetti, lasciar raffreddare completamente e conservare in frigorifero, dove si mantiene circa 3–4 settimane.