Preriscaldate il forno a 210–220 °C. Preparate una teglia (30 cm × 40 cm) e foderatela con carta da forno.
Tagliate le melanzane a metà nel senso della lunghezza e adagiatele sulla teglia preparata insieme ai peperoni. Salate, pepate e irrorate le verdure con olio d'oliva. Infornate e cuocete per 35–40 minuti a 210–220 °C. A metà cottura circa, aggiungete alle verdure l'aglio e la cipolla.
Dopo la cottura, mettete i peperoni in un sacchetto di plastica, chiudetelo bene e lasciate „sudare" i peperoni in modo che si possano pelare facilmente. Sono sufficienti circa 6–7 minuti nel sacchetto.
Preparate quindi una ciotola più grande ed estraete la polpa delle melanzane con un cucchiaio.
Pelate i peperoni sotto l'acqua corrente, privateli dei semi, asciugateli e metteteli nella ciotola insieme all'aglio, alla cipolla e all'aceto. Frullate il contenuto della ciotola con il frullatore a immersione fino a ottenere una crema liscia, aggiungete sale e pepe, mescolate e servite.
Se non volete servire l'ajvar subito, lasciatelo raffreddare a temperatura ambiente. Trasferitelo poi in un contenitore ermetico e conservatelo in frigorifero, dove si manterrà per 5–6 giorni.